Historia de la Villa
Los primeros restos arquelógicos se remontan a la Prehistoria. Se ha encontrado una necrópolis de la Edad del Cobre. La Villa de Rota fue presumiblemente fundada por mercaderes fenicios, que también fundaron Cádiz. Estos exploradores y mercaderes le dieron el nombre de Astaroth, cuyo significado es "Puerto de Asta", siendo Asta Regia una de las poblaciones de Tartesos. Posteriormente, Rota pasó a manos romanas, bajo cuyo dominio le fue dado el nombre de Oraculum Menestei y más tarde Speculum Rotae. Tambien se habla de Oleastrum, ubicado geográficamente por Plinio y Mela.
Más adelante, llegados los árabes, fue bautizada como Rabita Rutta, para después quedar en Rutta. Los musulmanes hicieron de la localidad una fortaleza, a raíz de las incursiones normandas. Existen documentos que hablan de Rota como un lugar de peregrinaje, donde a la fortaleza se la denomina como ribat.
En 1197, Ibn Arabí de Murcia, filósofo y místico musulman, la visita. En 1248, con la toma de Sevilla por parte de Fernando III, Rota se somete, tras los pactos que permitían a toda la comarca una cierta autonomía. Tras la toma de Cádiz se produce una alzamiento mudéjar, asesinando a la guarnición castellana que había permanecido en Rota. Tras la toma de Jerez en 1264, la población mudéjar es expulsada. El reparto de tierras se efectuó entre los que había participado en la ocupación y siempre supeditada a la condición social. Sin embargo, la vida allí fue poco menos que dura, dado el estado de los edificios y los continuos ataques de los musulmanes.
Ya cristianizada, su nombre pasó a ser Rotta y, finalmente, Rota. Sancho IV, en 1285, concede la administración de la Almadraba para que el dinero se emple en la defensa del término, mediante la construcción de atalayas.
En 1297, Fernando IV cedió la Villa y todo su término municipal a Alonso Pérez de Guzmán, en premio a la victoria en la defensa de Tarifa. Comienza éste la construcción del Castillo de Luna (1295). En 1303, la cede a su hija Isabel, al contraer matrimonio con Fernán Pérez Ponce de León, Maestre de Alcántara y Primer Señor de Marchena. En 1349, Alfonso XI confirma a D. Pedro Ponce de León la posesión de la villa con derechos de heredamiento.
Los Reyes Católicos la visitaron en 1477 y se hospedaron en el castillo, invitados por Rodrigo Ponce de León, durante los dias 6 y 7 de octubre, a quien concedieron el título de Marqués de Cádiz.
Hasta 1493, el puerto de Rota había tenido protagonismo en las relaciones comerciales con el norte de África, pero por prohibición real se instó a no usarse las instalaciones, debido a la centralización en el puerto de Cádiz. Aún así, al parecer siguió utilizandose, como lo demuestran las reiteradas cartas del Rey para el cese de las operaciones comerciales.
En 1522 se declara la peste.
Se tienen constancia de ataques berberiscos, ayudados por los turcos. Uno en 1559, donde destruyeron la galera del capitán general que pasaba el invierno en Rota. Otro en 1562, y otro más en 1572. Ésto propició la fortificación del lugar con la construcción de baterias de cañones.
En 1569 vuelve a repetirse una plaga de peste. En 1680 se declara otra epidemia, acompañada de escasez de cosechas, con lo que en 1687, Carlos II concede la exención de algunos tributos.
Tras la muerte de Carlos II da comienzo la Guerra de Sucesión y las costas de Rota son invadidas por el ejército anglo-holandés, en 1702. El muelle de Rota es utilizado para el desembarco de sus tropas. Casi un mes después, se retiran tras haber tomado Puerto Real, debido a las numerosas bajas sufridas.
En 1780, al morir Antonio Ponce de León, XI Duque de Arcos, sin dejar sucesión, pasó a Pedro de Alcántara Téllez-Girón y Pacheco, IX Duque de Osuna y con ésto al Ducado de Osuna.
En 1800 aparece la Fiebre Amarilla.
En 1810 los franceses llegan a la comarca de Cádiz para quedarse hasta 1812.
En 1823, con la abolición de los señoríos a nivel nacional, el Ducado de Osuna dejó de tener jurisdicción en toda la comarca.
El cólera llega en 1834, junto con una crísis económica presente desde hacía una década.
En 1836, el convento de Mercedarios es abandonado debido a la Desmortización de Mendizábal.
En 1873, Rota se declara cantón independiente desde el día 22 de julio hasta el 3 de agosto.
En 1955 se instala la Base Naval de Rota, lo que provocó el creciente número de negocios y el abandono paulatino de la agricultura y la pesca. Hoy en día, la riqueza de la ciudad está orientada principalmente al turismo.
De sustento fundamentalmente pesquero, aunque de gran tradición agrícola igualmente. Rota ocupa un lugar estratégico en la Bahía de Cádiz, lo que le ha dado siempre una cierta importancia bajo los diferentes pueblos que la han tomado para sí. Así, por ejemplo, han tenido relevancia en su historia las almadrabas, una de las cuales, de origen natural y presumiblemente de primer uso romano, se encuentra en fase de restauración y reutilización (Los Corrales).
Rota es, además, la cuna de un singular marinero llamado Bartolomé Pérez, que acompañó a Colón como tripulante de la carabela " La Niña " en el primer viaje. Y como piloto, en el segundo, de la carabela "San Juan".